بمباران بیمارستان‌ها و مراکز درمانی بر اساس قوانین بین‌المللی مصداق جنایت جنگی محسوب می‌شود.
آگهیسازمان دیده‌بان حقوق بشر با انتشار گزارشی ارتش آذربایجان را به بمباران عامدانه دو بیمارستان در شهر مارتاکرت (آغ‌دره) منطقه قره‌باغ در جریان دور اخیر درگیری‌ها متهم کرد.
بنابر گزارش این سازمان ارتش آذربایجان در ماه‌های سپتامبر و اکتبر و در جریان جنگ شش هفته‌ای دست‌کم در سه حمله غیرقانونی تاسیسات درمانی ارمنی‌های قره‌باغ را هدف قرار داده است.
دیده‌بان حقوق بشر می‌گوید یک بیمارستان دولتی در شهر مارتاکرت در ماه سپتامبر و نوامبر بارها و یک بیمارستان نظامی در حومه همین شهر در ماه اکتبر یک مرتبه هدف حمله غیرقانونی قرار گرفته است. هر دو بیمارستان به خط مقدم نبرد بسیار نزدیک بودند.
تحقیقات دیده‌بان حقوق بشر نشانگرآن است که در حمله به بیمارستان نظامی از سامانه توپخانه اسرائیلی LAR-160 استفاده شده است. بمب‌های این سامانه از طریق ماهواره هدایت می‌شوند و امکان خطای آن‌ها بسیار پایین است و شائبه عمدی بودن این حملات را به شدت تقویت می‌کند.
از سوی دیگر، حمله به بیمارستان دولتی حومع مارتاکرت، با موشک‌های گراد و بمب‌های خوشه‌ای انجام شده است که مصداق تسلیحات غیرمجاز به شمار می‌روند. ممنوعیت اینگونه سلاح از آنجا ناشی می‌شود که امکان تفکیک اهداف نظامی و غیرنظامی را نمی‌دهد.
با این حال، به گزارش عفو بین‌الملل در حملات به این دو بیمارستان، هیچکس زخمی یا کشته نشده اما به تاسیسات این دو مرکز درمانی و ذخیره دارویی آن‌ها به شدت آسیب وارد شده است.
اما مورد دیگر، حمله راکتی روز ۲۸ سپتامبر به یک آمبولانس نظامی ارمنستان بوده که در پی آن پزشک سرنشین جان خود را از دست داد.
دیده‌بان حقوق بشر پیش از این از حمله به دو بیمارستان در استپاناکرات (خانکندی) مرکز ناگورنو قره‌باغ از سوی نظامیان آذربایجانی و همچنین تخریب یک کلینیک درمانی در شهر باردا آذربایجان در جریان حمله نیروهای ارمنی خبر داده بود.
در ۶ هفته جنگ پاییز ۲۰۲۰ هر دو طرف مناقشه دیگری را به دلیل حمله به اهداف غیرنظامی، به ارتکاب جنایات جنگی متهم کردند.