پس از اینکه حسن روحانی، رئیس جمهور پیشین ایران مطلب کیهان مبنی بر «خواب بودن» در زمان تصمیم‌گیری در حمله به پایگاه آمریکایی‌ها در عین‌الاسد را تکذیب کرد اینبار بخش اینترنتی این روزنامه تندرو مدعی شد که برای «حفظ محرمانگی مطلق» مطلعین از این تصمیم به ۱۰ نفر نیز نمی‌رسیدند.
آگهیوبسایت حسن روحانی پیش از این نوشته بود که «اصل ماجرا بی‌اطلاع گذاشتن رئیس‌جمهور بود و شاهد آن هم لغو جلسه فرماندهان نظامی با دکتر روحانی در خانه‌اش ساعاتی قبل از حمله است.»
این سایت اضافه کرده بود: «کیهانیان اگر غرضی ندارند کافی است با پرس‌وجو از مقامات ارشد ستاد کل نیروهای مسلح صحت ادعایشان را بیازمایند. آنها به کیهان خواهند گفت که مقامات ارشد نظامی از رئیس‌جمهور درخواست ملاقات فوری کرده بودند و او در منزلش منتظر آنها بود اما این قرار از سوی درخواست‌کنندگان در آخرین ساعات لغو شد. تا وقتی که رئیس‌جمهور ایران از طریق زیرنویس شبکه خبر صداوسیمای جمهوری اسلامی از حمله به عین‌الاسد در بامداد ۱۸ دی ۱۳۹۸ مطلع شد.»
حال روزنامه کیهان با وجود تعطیلات نوروزی در نسخه آنلاین خود در پاسخ به این موضوعات گفت: «گفتنی است تصمیم «حمله موشکی به پایگاه عین‌الاسد در بامداد ۱۸ دی ۱۳۹۸» طبق قانون در سلسله مراتب فرماندهی نیروهای مسلح گرفته شده بود و با حفظ محرمانگی مطلق، مطلعین از این تصمیم حتی به ۱۰ نفر در میان کل نیروهای مسلح نمی‌رسید. بدیهی است اجرای این تصمیم نیاز به هیچ جلسه‌ای خارج از چارچوب قانونی نیروهای مسلح نیز نداشت.»
البته کیهان این بار «خواب بودن حسن روحانی» را تکرار نکرد بلکه موضوع دیگری را پیش کشید و گفت: «ما همچنین برای اولین بار خبر دادیم که علی‌رغم تلاش مقامات، با توجه به ساعت عملیات و شرایط آقای روحانی، تماس با ایشان جهت اطلاع‌رسانی پیش از حمله مقدور نشد.»
از سوی دیگر سایت خبرآنلاین نزدیک به حسن روحانی در واکنش به مطلب دوم کیهان نوشت: «نحوه پاسخ به ترور شهید سلیمانی در جلسه روز جمعه ۱۳ دی ۱۳۹۸ شورای عالی امنیت ملی بررسی و چارچوب و قواعدی برای پاسخ احتمالی در آن جلسه مطرح شد و در نهایت تصمیم گرفته شد برای آن عجله‌ای نشود.
خبرآنلاین با اشاره به سخنان اخیر علی شمخانی نیز گفت: «گرچه دریابان علی شمخانی، دبیر سابق شورای عالی امنیت ملی اخیراً گفته عملیات موشکی علیه پایگاه عین‌الاسد بر اساس «تصمیم مورد اجماع» بوده و منظورش را مشخص نکرده که اجماع بین چه کسانی، اما اینکه دبیر شورا خود جزو مطلعین حمله بوده، طبیعتاً رئیس شورای عالی امنیت ملی را نمی‌توان از دایره مطلعین حمله حذف کرد! رئیس‌جمهور ایران را به خاطر محرمانگی تصمیم! حتی دقایقی قبل از عملیات مطلع نکرد ولی به نخست‌وزیر عراق اطلاع داد. علاوه بر آن، تماس با رئیس‌جمهور کشور «مقدور نشود» اما تماس با نخست‌وزیر عراق مقدور شود!»
کیهان در مطلب اخیر خود به نقل از عادل عبدالمهدی، نخست وزیر عراق گفته بود که ایران به مقامات عراقی اطلاع داده مکان‌هایی را هدف قرار خواهد داد که نیروهای آمریکایی در آن حضور دارند اما در این پیام مکان حمله‌ها مشخص نشده بودند.
از سوی دیگر حسام الدین آشنا، مشاور حسن روحانی در دولت دوازدهم در مطلبی در شبکه ایکس ابتدا بخشی از مطلب کیهان درباره محرمانه بودن حمله را آورده است و سپس نوشت: «این سخن بماند به یادگار.»
مشخص نیست که آیا حسن روحانی بار دیگر به کیهان پاسخ می‌دهد یا خیر.